為了預防辣椒在栽培管理中的各種病蟲害，在育苗前必須進種子消毒。種子消毒有兩種方法，一是溫湯浸種消毒，二是藥液浸種消毒。具體操作技術如下：
　　一、溫湯浸種消毒
　　這是一種簡便易行的浸種消毒法。做法是：將種子裝在紗袋中（只裝半袋，以便攪動種子），首先將種子袋放有清水中浸20分鐘，然后撈起來放在50℃-55℃的熱水中，水量為種子的5-6倍，而且不斷地攪動，以便使種子受熱均勻，并及時補充熱水，使水溫保持15分鐘之久，然后，讓水溫降到30℃時，繼續浸泡5-6小時，再撈起來洗凈種破上的粘質，才進行催芽播種。注意：在溫湯浸種中，水溫和時間必須嚴格掌握才能達到既殺死病菌，又不傷害種子。處理時溫度表一定要一直插在熱水中測定水溫，以便要求調節。加熱水時切記不要直接沖在種子上，以避免燙傷種子。

　　二、藥液浸種消毒

　　這種方法應針對防治的主要病害而選擇不同的藥液。目前，生產上常用的藥液有：40%福爾馬林100倍溶液，2%氫氧化鈉溶液，10%磷酸三鈉溶液，1%高錳酸鉀溶液和1%硫酸銅溶液。根據本地區的實際，種子消毒的主要是防治辣椒病毒病，目前防治辣椒病毒病的有效藥液為磷酸三鈉溶液。做法是：先將種子用清水浸泡6-8小時，然后撈起來放在10%磷酸三鈉（即一市兩磷酸三鈉兌水1市斤）溶液中浸20分鐘撈出，用清水洗，最少要洗3遍，然后進行催芽。注意：藥液浸種的時間一定要掌握好，不準超時間。催芽目的是保證出苗快而且齊。催芽的種子**用紗布包好催芽。